Cơ quan chức năng tiến hành đắp 27 cọc gỗ phát lộ bằng các lớp đất nguyên thổ khi khai quật. Sau đó, tiến hành cắm mốc đánh dấu vị trí cột gỗ và tiến hành san lấp mặt bằng hố khai quật. Hiện nay, 2/3 số hố khai quật được lấp, một hố khai quật chứa 21 hố chôn cọc tạm được lấp ¼ diện tích, diện tích còn lại các cán bộ Viện Khảo cổ học tiếp tục nghiên cứu.
Việc tạm lấp bãi cọc nhằm bảo quản các cọc gỗ tránh bị biến dạng bởi tác động của thời tiết, môi trường. Theo các cán bộ Viện Khảo cổ học, trong lúc chờ nghiên cứu phương pháp bảo tồn, việc lấp lại các cọc gỗ là biện pháp hữu hiệu nhất hiện nay. Trước đó, tại hội nghị báo cáo kết quả khai quật di tích bãi cọc Cao Quỳ do thành phố tổ chức vào sáng 21-12-2019, TS. Trần Đình Thành, Phó cục trưởng Cục Di sản văn hóa cho rằng, các vật liệu hữu cơ, nhất là gỗ sau khi đưa lên khỏi mặt đất hoặc mặt nước dễ bị biến dạng, biến đổi do tác động của thời tiết, môi trường. Việc bảo quản các cọc gỗ này khá khó khăn. TS. Trần Đình Thành đề xuất các cơ quan chuyên môn trước hết cần lấp lại khu vực này, cắm mốc, xây dựng hàng rào bảo vệ, tránh các hoạt động phát triển kinh tế tại khu vực.
Sau khi tạm lấp bãi cọc, Viện Khảo cổ học bàn giao chính quyền địa phương các cấp quản lý. Việc nghiên cứu tại khu vực tiếp tục được triển khai sau Tết Nguyên đán Canh Tý. Về phía xã Liên Khê, sau khi nhận bàn giao từ Viện Khảo cổ học, địa phương xây dựng hàng rào bảo vệ các hố khai quật tiếp tục bố trí lực lượng trông coi và hướng dẫn người dân đến tham quan./.
