Trong đó, miễn, giảm thuế, chuyển lỗ, các khoản chi được trừ hoặc không được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế đang là vấn đề được nhiều doanh nghiệp quan tâm, thắc mắc với cơ quan Thuế. Ví dụ, về các trường hợp giảm thuế khác, Điều 15 của luật hiện hành quy định: “Doanh nghiệp sản xuất, xây dựng, vận tải sử dụng nhiều lao động nữ được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp bằng số chi thêm cho lao động nữ. Doanh nghiệp sử dụng nhiều lao động là người dân tộc thiểu số được giảm thuế thu nhập doanh nghiệp bằng số chi thêm cho lao động là người dân tộc thiểu số”. Quy định này được hiểu theo nhiều cách. Cách hiểu thứ nhất là số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm bằng với số tiền thực chi thêm cho lao động. Cách hiểu thứ hai là số thuế thu nhập doanh nghiệp được giảm bằng số tiền thực chi thêm cho lao động nhân với thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp (hoặc thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp ưu đãi) mà doanh nghiệp đang áp dụng. Hay việc chuyển lỗ trong trường hợp chi nhánh hạch toán độc lập chuyển sang hạch toán phụ thuộc chưa được quy định trong luật, gây vướng mắc trong thực hiện...

Từ thực tiễn hoạt động, cộng đồng doanh nghiệp mong việc sửa đổi, bổ sung Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sát thực tế, tháo gỡ vướng mắc, tạo thuận lợi để doanh nghiệp thực thi.