Việc đa dạng nguồn nước thô đáp ứng hoạt động của các đơn vị cấp nước nông thôn, song cũng nảy sinh vấn đề. Như thời điểm bão số 3 đổ bộ kết hợp với lũ đầu tháng 9 vừa qua, Nhà máy nước Vĩnh Long 2 của Công ty CP Môi trường và nước sạch Đại Dương phải ngừng cấp nước gần 1 tuần cho hàng nghìn hộ dân 5 xã Vĩnh Long, Thắng Thủy, Hùng Tiến, Hiệp Hòa, An Hòa (huyện Vĩnh Bảo) do thiết bị trung chuyển nước thô từ ngoài sông Luộc vào nhà máy bị hỏng; nước thô trên sông rất nhiều tạp chất, bẩn, đục, không thể sử dụng. Hay nhiều thời điểm xâm nhập mặn sâu vào hệ thống sông, các đơn vị sử dụng nguồn nước thô từ ngoài sông sẽ không chủ động được “nguyên liệu” sản xuất. Do vậy xuất hiện tình trạng một số nhà máy nước mini đăng ký dùng nguồn nước thô từ ngoài sông, nhưng lại khai thác, sử dụng nước thô trên hệ thống thủy lợi mà không nộp tiền mua nước cho công ty thủy lợi. 

Để bảo đảm công bằng trong khai thác, sử dụng nguồn nước thô, tránh tình trạng trục lợi và cạnh tranh không lành mạnh giữa các tổ chức, cá nhân, ngành chức năng và chính quyền địa phương liên quan cần tăng cường kiểm tra, kiểm soát, siết chặt hơn công tác quản lý, khai thác sử dụng nguồn tài nguyên thiên nhiên quý giá gắn với hậu kiểm sau cấp phép sử dụng.